San Salvador de Jujuy cuenta con el Aeropuerto Internacional Horacio Guzmán, ubicado a 32 Km. de la ciudad, que la une a las terminales aéreas de Buenos Aires y Córdoba, y oportunamente destinos internacionales como Isla Margarita, Santa Cruz de la Sierra y Santiago de Chile. La duración de los vuelos a la ciudad de San Salvador de Jujuy desde Buenos Aires es de 1h 45 min.
En 2016 el aeropuerto de Jujuy tuvo un tráfico récord de 227.042 pasajeros, cifra 13,1% superior a la del año anterior, consolidando así 8 años de crecimiento consecutivo.
Actualmente Aerolíneas Argentinas/Austral opera 20 vuelos semanales entre Jujuy y el Aeroparque Jorge Newbery, y 4 vuelos semanales entre Jujuy y Córdoba. Andes Líneas Aéreas opera 6 vuelos semanales entre Jujuy y el Aeroparque Jorge Newbery con escala en Salta.
Durante el verano pasado Aerovías DAP operó dos vuelos semanales entre Jujuy e Iquique, la primera ruta internacional que el aeropuerto tuvo en muchos años.
